El software de la unidad central de NaveControl permite el control y gobierno del sistema completo desde una estación de control normalmente situada en el centro de operaciones corporativo. Se encarga de gestionar el tráfico de información de forma racional, incluyendo la captación de datos procedentes de los móviles, su procesado on-line, representación, registro, tratamiento, generación de informes y funciones estadísticas, gestión de mensajería bidireccional, etc.